ნეო, ტრინიტი და მორფეუსი აგრძელებენ ბრძოლას ხელოვნური ინტელექტის წინააღმდეგ , რომელიც დედამიწაზე ბატონობს . მატრიცის ძალაუფლებას უფრო და უფრო მეტი ადამიანი აღწევს თავს - ისინი საყოველთაო აჯანყებისათვის ემზადებიან . კომპიუტერული სისტემის უზარმაზარი არმია დაპროგრამებულია იპოვოს და გაანადგუროს რეალური სამყაროს უკანასკნელი ქალაქი , ზეონი.